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发布日期:2024-08-26 16:03    点击次数:66


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你是否厌倦了在 PyMOL 中输入冗长的大喊?是否但愿像使用快捷键同样快速完成卵白质结构分析?今天,咱们来学习 PyMOL 中的雄壮 Alias 自界说大喊,让你告别繁琐操作,体验摆布自如的可视化!

主要内容:

一键化常用的 PyMOL 大喊组合,举例对都、缩放、表示特定结构等。定制化你的 PyMOL 责任环境,打造专属的快捷操作款式。高效化你的卵白质结构分析历程。

那么,Alias 大喊究竟是什么?怎样创建和使用?

小序

PyMOL 是一款等闲应用于生物大分子可视化和分析的软件。它提供了精准已矣输出外不雅的剧本功能,并通过重叠使用访佛的图像来简化后续责任。然而,传统的 PyMOL 操作款式存在一些局限性:

剧本拓荒需要使用外部文本剪辑器,责任历程效用较低。默许的视口缔造姿色突出多行,手动再功绩貌化很缺乏,阻止了快速拼装水平剧本。为每个结构应用特定示意需要大批的手动操作。

PyMOL 的 alias 功能不错很好地处置上述问题。

PyMOL 的 alias 功能通过以下款式简化和增强了其在生物医学接洽中的使用:

提高剧本拓荒效用,无需外部剪辑器。优化视口缔造姿色,便于快速拼装水平剧本。简化为结构应用特定示意的操作。在单个剧本文献中界说多个笔名,提高生动性。将水平剧本再行界说为 Python 函数,提供文档解救。

PyMOL alias 功能详解

alias 是什么?

界说大喊笔名,简化操作历程

PyMOL 默许提供了一些大喊笔名功能,举例,在大喊行中输入 2-3 个字母并按下 tab 键,PyMOL 会自动补全大喊或表示候选大喊。更雄壮的是,用户不错自界说 alias,将常用的复杂大喊序列简化为轻佻的几个字母。

alias 的语法

怎样创建和使用 alias

创建 alias 的语法特等轻佻,使用 alias 要津字,后跟笔名和对应的大喊序列即可。举例:

alias nice,

as

cartoon; show sticks, organic; show spheres, inorganic

上述代码将 as cartoon; show sticks, organic; show spheres, inorganic 这一系列大喊界说为笔名 nice,之后只需输入 nice 就能执行上述大喊。

alias 的应用场景:哪些操作得当使用 alias

alias 适用于任何需要连续执行的大喊序列,举例:

复杂的表示缔造: 将一系列退换卵白质表示款式的大喊,举例 as cartoon、show sticks 等,界说为一个 alias,浮浅快速缔造卵白质的表示成果。常用的分析操作: 将一些常用的分析大喊,举例揣摸距离、角度等,界说为 alias,不错简化分析历程。自界说快捷键: 不错将 alias 与快捷键绑定,进一步提高操作效用。

以卵白质结构分析为例

数据准备: 导入 PDB 文献,展示卵白质结构

本实例以 PDB ID: 6HR2、6HAX 和 6HAY 为例,将三个文献导入 PyMOL 并展示。

alias 创建:针对常用操作界说 alias,举例:al:结构比对并缩放cc:按链染色see:聚焦配体聚合位点sol/del:表示/守秘溶剂分子line:表示相互作用残基hb:表示氢键tag/untag:表示/守秘残基标签well:表示卵白名义pick:切换鼠标模式,测量距离、角度等ch:截图保存alias 使用:展示 alias 怎样简化结构分析历程以下是一些 alias 应用的实例:这些 alias 不错大幅简化卵白质结构分析的操作历程。使用 pick 大喊,不错切换到鼠标拾取模式,浮浅测量原子间距离、角度和二面角等信息。使用 well 大喊,不错表示卵白质名义的凹下,浮浅不雅察聚合口袋。使用 tag 和 untag 大喊,不错已矣残基标签的表示与守秘。使用 hb 大喊,不错表示配体与周围残基变成的氢键。使用 line 大喊,不错表示配体周围的相互作用残基。使用 del 和 sol 大喊,不错浮浅地已矣溶剂分子的表示和守秘。使用 see 大喊,不错快速聚焦到配体的聚合位点。使用 cc 大喊,不错对卵白质结构的不同链进行着色,浮浅差异。使用 al 大喊,不错将多个卵白质结构进行比对,并自动缩放至合适的大小。

alias 的自界说与进阶应用

在 PyMOL 中,alias 功能不仅不错提高操作效用,还能通过个性化缔造和复杂的剧本组合来彭胀其功能。以下是对于 alias 自界说与进阶应用的几个要津方面。

1. .pymolrc 文献:缔造默许 alias,个性化 PyMOL 环境

.pymolrc 文献是 PyMOL 的成立文献,用户不错在此文献中界说默许的 alias。通过在该文献中添加 alias 大喊,用户不错在每次运转 PyMOL 时自动加载这些缔造,从而个性化其使用环境。举例,不错将常用的大喊简化为短小的笔名,浮浅快速调用。

示例:

alias show_cartoon = show cartoon

alias color_red = color red

这么一来,用户只需输入show_cartoon或color_red,便可快速执行相应大喊,训导责任效用。

2. alias 的嵌套和组合:杀青更复杂的操作

alias 不仅不错单独使用,还不错进行嵌套和组合,以杀青更复杂的操作。举例,不错创建一个 alias 来执行多个大喊,从而简化复杂的任务。

示例:

alias full_view = show cartoon; color red; zoom

在这个例子中,full_view笔名将同期执行表示卡通结构、将心计缔造为红色和缩放视图的操作。通过这种款式,用户不错一次性完成多个姿色,减少手动输入的技艺。

3. alias 与 Python 剧本:彭胀 PyMOL 功能

聚合 Python 剧本,alias 的功能不错进一步彭胀。用户不错将复杂的操作封装成 Python 函数,并通过 alias 调用这些函数。这种措施不仅提高了代码的可读性,还使得功能的彭胀变得愈加生动。

示例:

defcustom_view():

show(

"cartoon"

)

color(

"blue"

)

zoom()

alias view_custom = custom_view

调教学生妹

在这个示例中,view_custom笔名调用了custom_view函数,用户只需输入view_custom即可执行一系列操作。这种聚合使用的款式,极地面增强了 PyMOL 的功能和用户的操作体验。

回归

通过本文,咱们学习了如安在 PyMOL 中使用 alias 大喊创建自界说快捷大喊,从而简化操作历程,提高责任效用。咱们了解到 alias 大喊的基本语法,并通过本体案例演示了怎样创建和使用自界说快捷大喊来完成卵白质结构分析的常见任务,举例:

对都和缩放卵白质结构按链为卵白质着色表示/守秘溶剂分子表示配体周围的残基象征残基标签

通过自界说快捷大喊,咱们不错将一系列复杂的操作简化为一两个轻佻的大喊,大大从简了操作技艺,让咱们愈加专注于科学接洽自己。

您在使用 PyMOL 时有哪些常用的大喊?您会怎样利用 alias 创建快捷大喊来提高您的责任效用?宽宥在驳斥区共享您的思法和教学!

— 完 —

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