图 使用东谈主工智能对天下病毒圈的深度挖掘情色艺术中心

　　在国度当然科学基金神态（批准号：82341118、32270160）等资助下，中山大学医学院施莽教育团队、阿里云李兆融团队，劝诱悉尼大学Edward Holmes教育团队，在东谈主工智能（artificial intelligence，AI）算法识别潜在的RNA病毒种（species）及RNA病毒轶群（supergroups）相干方面获得施展。关联着力以“应用东谈主工智能揭示笼罩的RNA病毒圈（Using Artificial Intelligence to Document the Hidden RNA Virosphere）”为题，于2024年10月9日在《细胞》（Cell）杂志在线发表。论文畅达：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01085-7。

　　病毒是地球生态系统的进军构成部分，与东谈主类健康关系密切。当今东谈主类对病毒种种性的意识仍然相配有限，当然界病毒圈仍有大齐病毒种类处于未知景象。传统的RNA病毒决然步调高度依赖于序列同源性比对，即通过比拟未知病毒与已知病毒的序列相通性来识别。然则，由于RNA病毒种类迢遥且高度分化，这种步调难以捕捉繁重同源性或同源性极低的病毒序列。若何高效、准确地发现和决然新病毒仍充满挑战。

　　相干团队研发了一种应用卵白质序列和结构信息的变换器架构（Transformer）深度学习言语模子“LucaProt”，该模子具有较高的准确性（假阳性率为0.014%）和特异性（假阴性率为1.72%）。进一步，应用“LucaProt”深度挖掘来自天下种种生物环境的10，487份宏转录组数据，发现跳跃51万条病毒基因组，代表跳跃16万个潜在的RNA病毒物种和180个RNA病毒轶群，使现存RNA病毒轶群数目增多了约9倍（图）。其中，23个轶群无法通过传统的同源性分析识别，被称为病毒圈的“暗物资”。这些新发现的病毒来自地球上的种种生态环境，包含南极底泥、深海热泉、活性污泥和盐碱滩等极点环境，权臣拓宽了东谈主们对RNA病毒溜达和符合生境的贯通。此外，该相干还发现迄今驱逐最长的RNA病毒基因组，同期揭示了多种复杂的基因组结构，展示了RNA病毒在基因组进化上的高度机动性。

　　这项相干将东谈主工智能与病毒基因组发现结合，败坏了传统的病毒分歧和同源性分析步调的局限情色艺术中心，推广了东谈主们对病毒圈的融会。

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